English
Ústav biologie obratlovců AV ČR (ÚBO) zorganizoval v říjnu 2014 v konferenčním centru Akademie věd v Nových Hradech tzv. „Next Generation Workshop“. Zahraniční i domácí experti měli za úkol seznámit 20 vybraných studentů z různých českých přírodovědeckých fakult se sekvenačními metodami nové generace (tzv. next-generation sequencing); další část workshopu patřila bioinformatické analýze dat získaných těmito metodami, což je krok, který dosud nejvíce brzdí širší využití metod v praxi.
Fota: Archiv ÚBO AV ČR
Zahájení NGS workshopu v Nových Hradech
Navazující dvoudenní konference představila rozmanité možnosti uplatnění nových sekvenačních technologií v zoologickém, ekologickém a evolučním výzkumu. ÚBO je úspěšným řešitelem několika projektů Operačního programu Vzdělávání pro konkurence-schopnost (OP VK). Jedním z nich je i „NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice“ (CZ.1.07/2.3./20.0303), který rozvíjí aplikace nejmodernějších technologií analýzy DNA v ekologicko-evolučním výzkumu v ÚBO (a potažmo v celé České republice mimo Prahu; ta je z podpory OP VK projektů vyňata). Důležitou součástí projektu je podpora mladých vědců a studentů prostřednictvím stáží, workshopů a konferencí v zahraničí, na nichž se mohou s těmito technologiemi seznámit a přivézt získané know-how zpět do ČR. Dalším cílem je vytvořit mezinárodní partnerskou síť, jež by podporovala spolupráci mezi institucemi, které tyto metody běžně využívají.
Mezi aktivity projektu patří i organizace workshopů v ČR, jež chtějí uvedené metody přiblížit české vědecké obci. V únoru 2014 se na nejvýznamnější české zoologické konferenci (Zoologické dny) v Ostravě uskutečnilo sympozium o sekvenačních technologiích nové generace (tzv. Next Generation Sequencing – NGS). Během půldenní sekce představili studenti i vědečtí pracovníci své výzkumy a zkušenosti s novými technologiemi, navzájem se seznámili s dalšími metodami genetických analýz (například genotypizace na tzv. SNP čipech), případně navázali kontakty s ostatními uživateli. Naplánován byl i mezinárodní workshop na téma využití NGS technologií v molekulární ekologii a evoluční a ochranářské genetice, který se uskutečnil v atraktivním prostředí konferenčního centra Akademie věd v Nových Hradech u Českých Budějovic od 26. října do 1. listopadu 2014. Program vznikl ve spolupráci se zahraničními kolegy z partnerských institucí, v nichž se věnují NGS metodám (například Mark Blaxter z University of Edinburgh ve Skotsku, Emanuel Heitlinger z Humboldt University of Berlin v Německu nebo Jean-François Martin z Center of Biology and Management of Populations v Montpellier ve Francii). Zazněly tak přednášky o analýze amplikonů, RAD sekvenování nebo využití NGS metody ke studiu mikrobiálního společenstva.
Cílovou skupinu představovalo 20 magisterských i doktorských studentů a postdoktorandů z mimopražských pracovišť AV ČR a vysokých škol, kteří se o využití NGS metod zajímají. Studenti byli vybráni na základě motivačních dopisů, životopisů a zkušeností s NGS technologiemi, případně jejich plánovaného využití v blízké budoucnosti. Výuku zajišťovalo devět zahraničních lektorů a pět vědeckých pracovníků z ÚBO, kteří mají s těmito metodami bohaté zkušenosti a často se na vývoji jejich aplikací podílejí.
Akce, jejímž jednacím jazykem byla angličtina, sestávala ze dvou částí. V první se studenti seznámili s různými technikami NGS sekvenování a pronikli do základů analýzy dat, které jsou v případě NGS mnohdy komplikované. Závěr každého dne patřil studentským příspěvkům, během nichž jejich autoři krátce prezentovali aktuální nebo plánované projekty. Jednotlivé příspěvky komentovali i zahraniční experti, kteří studentům poradili, jak nejlépe NGS metody využít a jak se vyhnout případným komplikacím. Výukovou část zakončila a plynule na ni navázala dvoudenní konference The Central European Meeting on Genes, Gene Expression and Behaviour.
Minikonferenci připravil ÚBO spolu s Katedrou zoologie Přírodovědecké fakulty UK v Praze za podpory sponzorů. Drtivá většina příspěvků vycházela z NGS dat, a tak byla pro studenty tato část inspirací pro jejich další práci.
V Nových Hradech panovala přátelská atmosféra a ohlasy zúčastněných byly jednoznačně pozitivní. Studenti si pochvalovali osobní kontakty s významnými specialisty na nejnovější technologie a někteří z nich si dokonce domluvili studijní stáž na zahraničním pracovišti. Lektory pro změnu inspirovalo sdílení poznatků s kolegy z jiných pracovišť; matky-vědkyně jistě ocenily dětský koutek, který byl k dispozici v zámecké knihovně, stejně jako zajištění hlídání dětí po dobu přednášek.
ALENA FORNŮSKOVÁ a JOSEF BRYJA,
Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.