Po únorových událostech v roce 1948 musel, bohužel, opustit slibně zahájenou univerzitní kariéru; významně byly omezeny i jeho aktivity vědecké. Tento stav trval až do r. 1959, kdy začal vyučovat patologickou fyziologii na tehdejší Fakultě dětského lékařství, kde byl také v roce 1961 jmenován profesorem. V té době se mu podařilo vytvořit zcela ojedinělý příklad fungující spolupráce pracovníků Akademie věd a fakulty, a to jak v oblasti vědeckého bádání, tak při výuce mediků. Rozvinul široce založený výzkum fylo- a ontogenetického vývoje srdečního svalu, se zvláštním zřetelem k potřebám klinické kardiologie, především kardiologie dětského věku. Tato problematika přilákala velké množství mladých adeptů vědy a stala se základem "Pražské školy" srovnávací a vývojové kardiologie. Plodná léta kulminovala v době "Pražského jara" v r. 1968, kdy byly zásluhy prof. Poupy oceněny státní cenou a byl jmenován korespondujícím členem Akademie věd.
Pouze v jediném krátkém období svého života se prof. Poupa nechal zlákat politikou. Jako jeden z autorů památného provolání "2000 slov" emigroval po sovětské okupaci v srpnu 1968 do Skandinávie a stal se vědeckým pracovníkem nejdříve na univerzitě ve švédském Göteborgu a později i v dánském Aarhusu a norském Bergenu. Ve Skandinávii našel prof. Poupa vynikající podmínky pro srovnávací kardiologické studie, využívající především netradičních studenokrevných živočichů. V r. 1976, u příležitosti svých šedesátin, dostal čestný doktorát Univerzity v Göteborgu. Prof. Poupa stál rovněž u zrodu International Study Group for Research in Cardiac Metabolism, která se později jako International Society for Heart Research stala nejvýznamnější světovou odbornou společností, sdružující experimentální kardiology; v roce 1976 se stal jejím čestným členem.
Po listopadu 1989 navštívil Prahu a pln elánu radil a navrhoval, jak nejlépe naskočit do rozjetého rychlíku světové vědy. V r. 1991 byl u příležitosti svých 75. narozenin vyznamenán medailí J. E. Purkyně, udělovanou Akademií věd ČR, a zlatou medailí Masarykovy Univerzity v Brně; v roce 650. výročí Univerzity Karlovy byl vyznamenán čestnou pamětní medailí. Navzdory složitým životním osudům publikoval prof. Poupa nejen více jak 260 vědeckých prací a šest monografií, ale i řadu studií zabývajících se aktuálními problémy kulturního života. Jeho stěžejní práce se stále citují a patří ke zlatému fondu světové experimentálně-kardiologické literatury. Své životní peripetie shrnul do knihy vzpomínek "Neveselé kapitoly o vědě a moci"; vybrané ukázky vyšly v časopise Vesmír. Doufejme, že v blízké době spatří světlo světa celá monografie. Jejího vydání, na které se tolik těšil, se však už nedočkal. Nelze zapomenout ani na jeho dílo výtvarné, kterému se zvláště v posledních letech života intenzivně věnoval a jež si našlo četné obdivovatele.
Prof. Poupa byl vpravdě renesanční osobností, která vždy přitahovala velké množství mladých nadšenců. Nelze se proto divit, že jeho žáky najdeme nejen v jeho rodné zemi, ale i v mnoha státech Evropy a na americkém kontinentě. Všem, kteří ho měli rádi a kteří se k jeho vědeckému a lidskému odkazu hlásí, způsobil jeho odchod nenahraditelnou ztrátu.
Prof. MUDr. Bohuslav Ošťádal, DrSc.,
Fyziologický ústav AV ČR